畜禽疫病诊治中心设立于2001年7月，设立初期以应用推广我所科研成果以及动物疫病诊治为主要工作内容；2005年以后工作重心转向科技项目研究。目前，畜禽疫病诊治中心在职科研人员12人，其中正高职称3人、副高职称1人，中级及初级职称8人；博士学位2人，硕士学位8人。

   畜禽疫病诊治中心目前主要从事猪重要疫病和牛羊虫媒病毒病防控技术研究工作，重点开展猪用抗菌抗病毒益生微生态制剂研发、猪牛羊重要疫病核酸、血清学快速检测技术及诊断试剂开发、重要虫媒病毒病原生态与致病机制研究、猪重要疫病综合防控技术研究及示范应用等工作。近年来，团队先后承担“十三五”国家重点研发计划子课题、国家自然科学基金、国家农业科技成果转化资金项目、广西创新驱动发展专项（科技重大专项）、广西科技攻关项目、广西自然科学基金等项目30余项。在猪重要疫病综合防控技术研究与推广方面取得丰硕成果，先后获得广西科技进步奖二等奖3项、三等奖1项，中华农业科技奖三等奖2项，全国农牧渔业丰收奖三等奖1项，广西农牧渔业丰收奖一等奖1项；实现科技成果转化10项，转化金额30余万元；发表论文200余篇，其中SCI论文30余篇；获授权国家发明专利20件；制定广西地方标准9项。

   畜禽疫病诊治中心坚持进行生产实践服务，长期提供以下服务工作：动物疫病防控新技术、新产品合作开发；动物疫病实验室诊断；猪场疫苗免疫方案制定及免疫效果评估；重要疫病（猪瘟、伪狂犬等）控制与净化技术咨询及方案制定；猪场生物安全建设方案制定；动物疫病防控技术人才培训等。